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Las montañas submarinas, los corales de agua fría, los taludes superiores de los márgenes continentales y los cañones submarinos son los ecosistemas del mar profundo que mayor riesgo corren a corto y medio plazo. Según el estudio publicado en PLoS ONE, la presión pesquera, el cambio climático, la acidificación oceánica, la contaminación química y la acumulación de basuras amenazan estos ecosistemas.