Materias primas, alimentos procesados y superficies industriales albergan una gran diversidad de genes asociados a resistencias bacterianas. Un análisis metagenómico en más de 2 000 muestras recogidas en un centenar de empresas europeas revela la magnitud del problema y ofrece pistas para frenar su propagación en el sistema alimentario.
Un proyecto europeo con investigadores del CSIC ha realizado una amplia secuenciación metagenómica de más de 2 000 muestras procedentes de materias primas, alimentos y superficies de entornos industriales de 100 empresas europeas.
El estudio ha demostrado que más del 70 % de los genes bacterianos conocidos de resistencia a antibióticos están presentes en la cadena de producción alimentaria, aunque sólo una parte de ellos es especialmente prevalente. Los resultados se publican en la prestigiosa revista Nature Microbiology.
La investigación se ha centrado en el resistoma, es decir, el conjunto de genes que otorgan a las bacterias la capacidad de resistir los efectos de los antibióticos.
“Aunque se sabía que la cadena alimentaria puede actuar como vía de transmisión de bacterias resistentes a los antibióticos, hasta ahora no se había realizado un estudio tan amplio y detallado”, señala el investigador del CSIC Narciso Quijada, del Instituto de Biología Funcional y Genómica (IBFG), de Salamanca.
Entre los genes prevalentes destacan algunos que confieren resistencia a antibióticos como tetraciclinas, betalactámicos, aminoglucósidos y macrólidos, grupos clave en el tratamiento de infecciones humanas y animales, según indican los investigadores.
Más del 60 % de las muestras recogidas contenían al menos un gen de resistencia a antimicrobianos.
“Además, los análisis han permitido identificar a las principales bacterias portadoras de estos genes y muchas de ellas son miembros del grupo ESKAPEE, conocido por su papel en infecciones hospitalarias difíciles de tratar, como Escherichia coli, Staphylococcus aureus o Klebsiella pneumoniae”, enumera el investigador del Instituto de Productos Lácteos de Asturias (IPLA) Abelardo Margolles.
También se han detectado en especies como Staphylococcus equorum y Acinetobacter johnsonii, las cuales están asociadas con entornos alimentarios e incluso con características beneficiosas en la producción.
Un hallazgo especialmente relevante –apunta el investigador– es que “cerca del 40 % de estos genes están asociados a elementos genéticos móviles que pueden facilitar su transferencia entre bacterias, lo que incrementa el riesgo de propagación de la resistencia”.
“El estudio también aporta evidencias sobre cómo ciertos procesos industriales y condiciones de fabricación pueden influir en la presencia y transmisión de estos genes, lo que abre la puerta a mejoras en los sistemas de producción alimentaria”, apunta Quijada.
“Centrados en la evolución del resistoma a lo largo del proceso de producción de alimentos, el estudio revela que el proceso de maduración cambia drásticamente el contenido del resistoma en los productos, donde los genes provienen principalmente de bacterias asociadas al proceso de producción alimentaria lo que indica que estos organismos desplazan a los presentes en las materias primas o las primeras fases de la producción” explica Quijada.
Las bacterias de las primeras fases de producción predominan en productos no madurados o fermentados y en aquellos listos para el consumo, donde la carga del resistoma está asociada mayormente a bacterias derivadas del manejo humano, incluyendo las ESKAPEE.
Los investigadores subrayan que estos hallazgos son clave para diseñar estrategias más eficaces en el uso de antibióticos y desinfectantes en la producción de alimentos y para avanzar hacia políticas de gestión que ayuden a frenar el creciente problema de la resistencia a los antimicrobianos.
Referencia:
Quijada et al.The food-associated resistome is shaped by processing and production environments. Nature Microbiology. 2025
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