Suscríbete al boletín semanal

Recibe cada semana los contenidos más relevantes de la actualidad científica.

Si estás registrado

No podrás conectarte si excedes diez intentos fallidos.

Si todavía no estás registrado

La Agencia SINC ofrece servicios diferentes dependiendo de tu perfil.

Selecciona el tuyo:

Periodistas Instituciones
Si estás registrado

No podrás conectarte si excedes diez intentos fallidos.

Si todavía no estás registrado

La Agencia SINC ofrece servicios diferentes dependiendo de tu perfil.

Selecciona el tuyo:

Periodistas Instituciones

Un programa bioinformático identifica fragmentos “fósiles” de genes en los genomas

Científicos españoles han desarrollado un programa bioinformático, AnABlast, que identifica fragmentos “fósiles” de genes en los genomas, lo que ayudará a entender la historia evolutiva de cada genoma. El estudio, publicado en la revista DNA Research, permitirá aplicar este nuevo método al genoma humano.

Juan Jiménez y Antonio Pérez-Pulido. / UPO

Los investigadores Juan Jiménez y Antonio Pérez-Pulido, del Centro Andaluz de Biología del Desarrollo (Universidad Pablo de Olavide-CSIC-Junta de Andalucía), han desarrollado una nueva estrategia in sílico –mediante simulaciones por ordenador– para encontrar genes y fragmentos “fósiles” de genes en los genomas, incluso cuando esos genes o fragmentos no tengan parecido con otros genes conocidos, o estén tan fragmentados que no se identifique el inicio y fin de su secuencia codificadora.

“La estrategia es parecida a la que se usa para descifrar mensajes codificados de los espías”, afirma Juan Jiménez, quien añade que “aunque no se sepa lo que significa, una pequeña secuencia que se encuentra con más frecuencia que el azar en un texto posiblemente es una secuencia que significa algo”.

Esa idea, aplicada al análisis de la secuencia de un genoma, es lo que le ha permitido a los autores desarrollar un programa bioinformático (AnABlast), que discrimina dónde hay información con significado biológico simplemente por su alta frecuencia en las bases de datos respecto a la frecuencia por azar. Así, AnABlast permite discernir regiones con genes (que codifican proteínas) de las que no.

AnABlast permite discernir regiones con genes (que codifican proteínas) de las que no

Los autores han aplicado el nuevo método al genoma completo de la levadura de fisión, y aún siendo uno de los organismos modelo mejor estudiados, el análisis con AnABlast les ha permitido identificar varios genes nuevos que pasaron desapercibidos en los procedimientos convencionales de anotación de genes. Incluso se encuentran fragmentos “fósiles” provenientes de otros genomas, o de reordenaciones ancestrales, algo que sin duda ayuda a entender la historia evolutiva de cada genoma.

Próximamente: genoma humano

Además de la levadura, han demostrado que AnABlast es igualmente útil en genomas de organismos superiores como el del gusano C. elegans, lo que pronto les llevará a realizar el análisis AnaBlast del genoma humano.

En este trabajo ha colaborado el grupo dirigido por Juan Mata, del departamento de Bioquímica de la Universidad de Cambridge (Reino Unido), y se ha publicado en DNA Research, revista especializada en el análisis de genomas.

Referencia bibliográfica:

Juan Jimenez, Caia D. S. Duncan, María Gallardo, Juan Mata, and Antonio J. Perez-Pulido. Centro Andaluz de Biología del Desarrollo, Universidad Pablo de Olavide de Sevilla/CSIC, Sevilla, Spain, and Department of Biochemistry, University of Cambridge, Cambridge, UK. AnABlast: a new in silico strategy for the genome-wide search of novel genes and fossil regions. DNA Research. http://dnaresearch.oxfordjournals.org/content/early/2015/10/21/dnares.dsv025.full

Fuente: UPO
Derechos: Creative Commons
Artículos relacionados
Elaine Fuchs, bióloga molecular e investigadora en el Howard Hugues Medical Institute
“Las células madre del cáncer pueden ser el gran obstáculo a los tratamientos”

Aunque las terapias contra el cáncer mejoran, sigue habiendo tumores que no desaparecen o que se reproducen de nuevo. El motivo parece estar en las células madre y en su capacidad para hacerles frente. Hablamos con Elaine Fuchs, pionera en el estudio de este tipo de células en la piel, cuyo nombre aparece desde hace años en las quinielas para los premios Nobel.

 

Día Internacional de la Investigación en Cáncer
Estas son las limitaciones, dificultades y retos de la investigación del cáncer pediátrico
Antonio Pérez Martínez

El jefe del Servicio de Hematooncología Pediátrica del Hospital Universitario la Paz nos cuenta cómo se encuentra en la actualidad la investigación del cáncer pediátrico y cómo ha afectado –y lo hará en los próximos años– la pandemia por la covid-19.