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Enfoque 'big data' para el desarrollo de fármacos anticáncer

Científicos del IDIBELL y del Instituto Sanger de Reino Unido elaboran un catálogo de 1.000 tumores con sus alteraciones y sensibilidades a medicamentos. Los resultados, publicados en la revista Cell, han facilitado un mapa integral de las lesiones epigenéticas y genéticas de los tumores humanos que servirá para predecir respuestas a un amplio repertorio de fármacos oncológicos.

Ejemplo del epigenoma derivado de una muestra tumoral incluida en en estudio. Las señales de fluorescencia verde indican una perdida de señal epigenética, mientras que las rojas indican una ganancia de señal epigenética. Cerca de medio millón de puntos de información epigenética del genoma humano fueron analizados en cada cancer. / IDIBELL

Existen miles de artículos científicos dedicados a investigar un tipo de tumor concreto, un gen determinado, un tipo de lesión molecular concreta o el efecto de un fármaco particular. Sin embargo, son muy pocos los ejemplos de publicaciones que integran estos cuatro conceptos (tipo de tumor, gen, alteración y fármaco) al mismo tiempo en un número significativo de muestras.

Un artículo publicado en Cell con la colaboración del grupo de Manel Esteller, director del Programa de Epigenética y Biología del Cáncer del Instituto de Investigaciones Biomédicas de Bellvitge (IDIBELL), investigador ICREA y profesor de Genética de la Universidad de Barcelona, ​​nos proporciona esta importante fuente de información.

Los investigadores partieron de 1.000 líneas celulares de cáncer derivadas de 29 diferentes tipos celulares y distintos órganos para obtener simultáneamente las alteraciones genéticas (mutaciones y número de copias de genes), epigenéticas (metilación del ADN) y de expresión de los mismos enfrentándolas con las distintas sensibilidades de las mismas a 265 fármacos antitumorales. Es de destacar además que los resultados obtenidos fueron validados en 11.000 tumores humanos adicionales obtenidos a partir de la extirpación quirúrgica de los mismos.

Los resultados obtenidos fueron validados en 11.000 tumores humanos adicionales obtenidos a partir de la extirpación quirúrgica de los mismos

"El estudio ha sido liderado por el Instituto Sanger del Reino Unido, pioneros mundiales en el estudio genético de los tumores. Nos pidieron que analizáramos el epigenoma de las miles de muestras descritas y así lo hicimos. Ha sido un trabajo extenuante, pero el resultado ha valido la pena: ahora tenemos un mapa integral de las lesiones epigenéticas y genéticas de los tumores humanos que servirá para predecir respuestas a un amplio repertorio de fármacos oncológicos", declara Esteller, coautor del estudio de Cell.

"La información obtenida ha sido depositada en la red para que sea de acceso libre a todos los investigadores del mundo. De esta forma si alguien tiene un interés particular por un gen, por un tipo de tumor o un fármaco pude consultarlo rápidamente, así como también ver las relaciones existentes entre ellos.”

“De los nuevos análisis bioinformáticos que se desarrollen a partir de los datos que hemos puesto a disposición de todos, saldrán resultados aún más interesantes en los próximos años. Estamos muy satisfechos de haber contribuido en la consecución de este inmenso catálogo de genes, tumores y fármacos, que no hubiera sido posible sin el apoyo altruista de la Fundación Cellex en nuestro caso y del Wellcome Trust en el caso británico”, concluye el investigador.

Referencia bibliográfica:

Iorio F, Knijnenburg TA, Vis DJ, Bignell GR, Menden MP, Schubert M, Aben N, Gonçalves E, Barthorpe S, Lightfoot H, Greninger P, van Dyk E, Chang H, de Silva H, Heyn HA, Deng X, Egan RK, Liu Q, Mironenko T, Mitropoulos X, Richardson L, Wang J, Zhang T, Moran S, Sayols S, Soleimani M, Tamborero D, Lopez-Bigas N, Ross-Macdonald P, Esteller M, Gray N, Daniel A. Haber, Stratton MR, Benes CH, Wessels LFA, Saez-Rodriguez J, McDermott U, Garnett MJ. A landscape of pharmacogenomic interactions in cancer. Cell, 2016. http://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(16)30746-2

Fuente: IDIBELL
Derechos: Creative Commons
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