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El estudio se ha publicado en la revista ‘Bioinformatics’

Desarrollan un software para analizar el ADN por internet

Un equipo de investigadores catalanes ha desarrollado un software capaz de calcular las propiedades estructurales de las moléculas de ADN y relacionarlas con la información genética existente en las bases de datos de internet. El objetivo, ayudar a la comunidad científica en sus búsquedas digitales.

Doble hilo de una molécula de ADN (en color rosa), que se retuerce por el efecto de una proteína (en color verde) enganchada a uno de los fragmentos de ADN. Foto: MMB Group

El estudio del ADN requiere la consulta de grandes cantidades de datos numéricos, muchas veces diseminados por ordenadores de instituciones internacionales, lo cual dificulta el trabajo de quien investiga. “Con este software, se puede realizar el análisis sencillo de secuencias y trabajar con los resultados de forma visual e intuitiva”, explica a SINC Carles Fenollosa, ingeniero informático del Molecular Modelling & Bioinformatics Group (MMB Group). Esta institución reúne al Institut de Recerca Biomèdica (IRB), el Instituto Nacional de Bioinfomática (INB) y el Barcelona Supercomputing Center (BSC).

El software, que acaba de presentarse en la revista Bioinformatics, se llama DNAlive, ha sido desarrollado por investigadores integrados en el Programa Conjunto de Investigación en Biología Computacional del MMB Group, y no requiere que el usuario tenga que programar in situ complejos algoritmos.

Para facilitar la interconexión de datos, el programa intercambia automáticamente información con bases de datos de otras instituciones, mostrando los resultados cruzados para que el usuario no necesite recopilar toda esta información manualmente desde diferentes programas y webs, y los representa gráficamente en forma de fotografías en color y animaciones.

Además, la web está diseñada con una interfaz inteligible de forma que el investigador no necesite conocimientos avanzados de informática para trabajar.

En un solo paso

Hasta el momento, el proceso para analizar una secuencia de ADN consistía en realizar manualmente cada uno de los cálculos físicos con un software específico diferente, y enviar dicha secuencia a diferentes proveedores para obtener la información genética y de las proteínas. Finalmente había que descargar decenas de ficheros al ordenador para introducirlos en un programa visor de moléculas y así empezar a analizar los resultados. Sin embargo, DNAlive reduce todo el procedimiento a un solo paso.

La representación visual consiste en una simulación “mesoscópica”, una animación simple que permite al investigador predecir los movimientos de las moléculas: cómo se abren, se cierran y se disuelven en agua. Esta operación ya la realiza el ordenador del Centro Nacional de Supecomputacion, Marenostrum, “pero el resultado tarda semanas en llegar”, indica Fenollosa. “Aunque muestra una animación menos precisa, DNAlive hace el mismo trabajo en unos minutos y aún así resulta más exacto de lo que se podía esperar”, concluye el investigador.

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Ejemplo de animación mesoscópica:

http://www.plataformasinc.es/index.php/esl/Multimedia/Videos/Desarrollan-un-software-para-analizar-el-ADN-por-internet

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Referencia bibliográfica:

J. Ramon Goñi, Carlos Fenollosa, Alberto Pérez, David Torrents, Modesto Orozco. “DNAlive: a tool for the physical analysis of DNA at the genomic scale”. Bioinformatics 24 (15): 1731–1732, 2008

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Más información:

Vídeo de la noticia.

El software de DNAlive.

Fuente: SINC // 6 de octubre de 2008
Derechos: Creative Commons

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